1941年12月8日，在日本偷袭珍珠港之后仅仅十个小时，日军就对美国控制下的菲律宾发起了进攻，1942年1月2日占领了马尼拉，约有七万人成为日军的战俘。日军将这些战俘押解到一百多公里之外的战俘营，全程境况惨烈，史称“巴丹死亡行军”。整个行军过程中仅在出发的时候给了战俘吃了一个饭团，此后一路上不许战俘喝水进食，凡是企图找水和食物者，即被日军以刺刀或开枪处决。一路上因饥渴而死或者遭到日军处死的战俘超过一万人。抵达战俘营之后的两个月内，又有2.6万名战俘被日军虐待致死。

1945年2月二战太平洋战争末期，日军在南太平洋诸岛节节败退，撤离菲律宾首都马尼拉时所发生了持续达一个月之久的屠杀事件，直到2月23日美军重新夺回马尼拉。被屠杀的菲律宾人总数达十万人以上，平均每天有三千人遇害。最骇人听闻的，在圣保罗大学一次杀害994名菲律宾儿童。

至1945年9月日本宣布投降为止，在战争中死亡的菲律宾军民超过百万。