20世纪80年代初，为推动我国科技体制改革，变革科研经费拨款方式，中国科学院89位院士（学部委员）致函党中央、国务院，建议设立面向全国的自然科学基金，得到党中央、国务院的首肯。随后，在小平同志的亲切关怀下，国务院于1986年2月14日批准成立国家自然科学基金委员会（简称“自然科学基金委”）。

1986年2月28日国家自然科学基金委员会成立。国家科学基金会设委员二十五名，由科学家、管理专家担任，实行任期制。

该基金面向全国，科技工作者均可按规定申请。